José ingresó a la agencia espacial en 2001 como Ingeniero de Investigación en materiales en el Centro Espacial Johnson en Houston y fue seleccionado como astronauta en 2004. La misión de Hernández fue la STS-128, convirtiéndose en parte de la 19va. generación de la NASA.

El 28 de agosto de 2009 abordó el Discovery para completar la construcción de la Estación Espacial Internacional. Además, llevaron toneladas de equipo, comida y agua para otros astronautas que se encontraban trabajando allí.

Doce años, doce postulaciones y mucha tolerancia al fracaso tuvieron que suceder para que José Hernández fuera aceptado en la NASA pero el ímpetu, la sed de éxito y de hacer valer el arduo trabajo que sus padres habían realizado, lo llevaron a cumplir este sueño.

Actualmente es empresario, consultor de diversas empresas aeroespaciales y del gobierno mexicano, aportando su experiencia en temas de sustentabilidad, tecnología e investigación.