Exfutbolista mexicano que se desempeñaba en la posición de delantero. Actualmente, colabora como comentarista para Televisa Deportes.
Francisco Fonseca hizo su debut en la Primera División con los Reboceros de La Piedad. Después de dos temporadas con Reboceros de la Piedad, en el que jugó principalmente como sustituto, Fonseca fue fichado por los Pumas UNAM. Tras su impresionante demostración en el Apertura 2003 y el Clausura 2003, Fonseca consolidó su lugar en los Pumas en el Torneo Clausura 2004, en el que ayudó a Pumas UNAM a conseguir un campeonato.
Después de ayudar a Pumas a conseguir un segundo título en el Torneo Apertura 2004, fue transferido al Cruz Azul, después de haber registrado 24 goles en 81 partidos con los Pumas.
A principios del año 2005, Fonseca se trasladó al Cruz Azul en una de las mayores transferencias en la historia de la Liga Mexicana. En Cruz Azul, fue también un actor importante, jugó 48 partidos y marcó 25 goles, ayudando a Cruz Azul a llegar a las semifinales de la liguilla en el Torneo Clausura 2005.
Participó en la Copa Mundial de la FIFA 2006 participando en 4 encuentros y anotó un gol en contra de la Selección de fútbol de Portugal.
Francisco Fonseca, fue nombrado en la lista de los convocados para disputar la Copa de Oro de la Concacaf 2007, realizada en Estados Unidos, torneo en el que la Selección de fútbol de México terminó en segundo lugar, perdiendo la final ante la Selección de fútbol de Estados Unidos.
Francisco Fonseca, jugó su último partido con la Selección de fútbol de México después de haber recibido un llamado a la selección nacional de parte del entrenador sueco Sven-Göran Eriksson para disputar un amistoso internacional el 12 de noviembre de 2008 frente a la Selección de fútbol de Ecuador.